感染した赤血球が破裂して原虫が放出されるときに、突然ふるえがきて悪寒がし、約40℃を超える高熱が出ます。
頭痛、節々の痛み、吐き気を伴いますが、熱は通常は数時間で下がり、おびただしい発汗がみられます。
発熱はやがて周期的になり、三日熱マラリア原虫と卵形マラリア原虫では48時間ごとに、四日熱マラリア原虫では72時間ごとに出るようになります。
熱帯熱マラリア原虫が引き起こす発熱は周期的でないことが多いのですが、48時間ごとに発熱することもあります。
旅行先でマラリアに感染した場合、通常は帰国後数カ月以内に症状が現れますが、中には1年以上たってから現れるケースもあります。
病気の進行とともに、脾臓が腫大します。熱帯熱マラリア原虫に感染した人では、血糖値の低下が生じます。
マラリア原虫が血液中に多く存在している人で、特にキニーネを治療に使用している場合は、下がり方はひどくなります。
熱帯熱マラリアは熱帯熱マラリア原虫により起こり、マラリアの中でも最も危険なタイプで死に至ることもあります。
熱帯熱マラリアでは、感染した赤血球が細い血管の壁に付着して血管を詰まらせ、その結果、脳、肺、腎臓など多くの臓器が障害を受けます。
中でも脳性マラリアは非常に危険な合併症で、高熱、頭痛、眠気、せん妄、錯乱、けいれん発作、昏睡（こんすい）を起こします。
これは乳児や幼い小児、妊婦に多く、高いリスクの地域を旅行する人にも起こります。
熱帯熱マラリアでは、肺に水がたまり、激しい呼吸困難を起こします。
障害が多くの臓器に及ぶと、血圧の低下が起こります。
黒水熱は、熱帯熱マラリアにまれに起こる合併症です。
大量の赤血球が破裂することによって血中にヘモグロビンが大量に放出され、ヘモグロビンは尿に排泄されるため、尿の色が黒くなります。
腎機能が著しく障害され、透析が必要になることもあります。治療にキニーネを使用している場合に多い合併症です。
一方、三日熱マラリア原虫、卵形マラリア原虫、四日熱マラリア原虫によるマラリアは症状が軽い傾向にありますが、長期にわたって血液中に原虫がとどまり、発熱、悪寒、頭痛、食欲不振、疲労、けん怠感などが続きます。
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