けいれん性の腹痛と下痢が繰り返して起こる場合、
特に家族にクローン病患者がいる場合や肛門周囲に症状がある場合にクローン病を疑います。
関節、眼、皮膚の炎症も診断の手がかりになります。
触診では下腹部にしこりや盛り上がりを触れ、特に右側にそれがよくみられます。
クローン病を確定できる特異的な検査はありませんが、血液検査では貧血がみられ、
白血球数の異常増加や、血液中のタンパク質であるアルブミンの減少などから、
炎症が生じていることがわかります。
診察と血液検査が済んだら、
通常は大腸内視鏡検査（柔軟な観察用チューブを用いた大腸の検査）
と生検（顕微鏡で調べるための組織サンプルの切除）を行います。
クローン病が小腸内に限局している場合は、大腸内視鏡検査では病気を発見できません。
しかしクローン病は普通、バリウムを飲んでから行う造影X線検査で診断がつきます。
浣腸を行った後にバリウムを飲んで撮影したX線画像は、
大腸のクローン病に特徴的な像を映し出します。
CT検査は、クローン病と潰瘍性大腸炎を判別するのに有用な情報を映し出し、
膿瘍や瘻などの消化管壁の外側に起こる合併症を診断するのに最も有効な検査です。
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