クローン病の初期症状で最も多いのは、出血を伴う慢性下痢、けいれん性の腹痛、
発熱、食欲不振、体重減少です。
これらの症状は数日間から数週間継続し、治療しなくとも治まります。
しかし一度発作を起こしただけで完全に回復することはきわめてまれです。
クローン病は生涯を通して不規則な間隔で再発します。
再発は軽いことも重いこともあり、短いことも長びくこともあります。
重症の場合は激痛や脱水、血液量の減少が起こります。
なぜ症状が回復したり悪化したりするのか、何が再発のきっかけなのか、
重症度を左右するものが何か、はわかっていません。
炎症は腸の同じ場所に再発する傾向にありますが、
患部を手術で切除した後には別の領域に広がることもあります。
一般的な合併症は、腸閉塞や感染部位に膿がたまる状態（膿瘍［のうよう］）
と腸に異常な通路（瘻［ろう］）が形成されることです。
瘻は腸の異なった2つの場所をつなぎます。また、瘻は腸と膀胱（ぼうこう）をつないだり、
特に肛門周辺では、腸と皮膚表面をつないでしまうこともあります。
小腸の瘻はよくみられても、大きな穿孔（せんこう）はまれです。
大腸が広範囲にクローン病にかかった場合は、直腸に出血がよく起こり、
何年か後には結腸癌（大腸の癌）になるリスクが非常に高くなります。
クローン病にかかった人の約3分の1は、肛門周囲の症状が現れ、
特に多いのは肛門粘膜の内側の瘻と裂肛です。
クローン病は体の他の場所に影響を及ぼす合併症を起こすことがあります。
胆石、栄養素の吸収不足、尿路感染症、腎結石、
臓器へのアミロイドタンパクの沈着（アミロイド症）などです。
クローン病で胃腸症状が再発すると、患者には関節の炎症（関節炎）、
白眼の上強膜炎、口にアフタ性口内炎、腕や脚の皮膚の結節の炎症（結節性紅斑）
、皮膚が紫がかって膿がたまる壊疽性膿皮（えそせいのうひ）症などが起こります。
クローン病の消化器症状が再発していない時期でも、
脊椎（せきつい）の炎症（強直性脊椎炎）、股関節（こかんせつ）の炎症（仙腸骨炎）、
眼の内部の炎症（ぶどう膜炎）、胆管の炎症（原発性硬化性胆管炎）を起こします。
小児では、腹痛や下痢などの胃腸症状はしばしば主要な症状ではなく、
胃腸症状がまったく現れないことさえあります。
代わりに、成長遅延、関節の炎症、発熱、
貧血による脱力と疲労などが主な症状となります。
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