感染した体液が眼に入ると、淋菌性結膜炎が起こることがあり、まぶたが腫れ、眼から膿が出ます。
淋菌感染症にかかっている妊婦の場合は、出産時に赤ちゃんの眼が感染することがあります。
成人の場合は、たいてい片眼だけが侵されますが、新生児は両眼が侵されることが多く、早く治療しないと失明するおそれがあります。
乳児や幼い少女に淋菌感染症がある場合は、大人や10代の若者から性的虐待を受けていることが考えられます。
症状としては、外陰部の過敏、発赤、腫れがみられ、腟から膿が出ます。
少女では腟周辺がただれ、排尿時に痛みが生じます。直腸が炎症を起こしていることもあります。
下着が分泌物で汚れたりします。
淋菌感染症が血流に乗って関節に広がると、腫れ、圧痛、動かすときの強烈な痛みや動作制限が起こります。
また血液の感染症は、発熱、全身のけん怠感、節々に伝わる痛みなどを起こし、皮膚に赤い膿のたまった斑点が現れます（関節炎‐皮膚炎症候群）。
心臓の内部が感染することもあります（心内膜炎）。
肝臓を覆っている膜が感染すると（肝周囲炎）、右上腹部に胆嚢（たんのう）の病気と似た痛みが起きます。
これらの感染症は治療可能で命にかかわることはまれですが、関節炎や心内膜炎の場合、回復には時間がかかります。
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