多くの人の場合、
最終的には免疫システムがパピローマウイルスをコントロールします。
8カ月もすれば、半数の人で感染はなくなります。
2年以上感染が続くのは10％以下です。
完全に満足できるような治療法はなく、治療法のあるものは不快であったり、
瘢痕を残したりします。
体の外側にできたいぼは、レーザー、凍結療法、
局所麻酔による外科手術で取り除きます。
ポドフィロトキシン、イミキモド、
トリクロロ酢酸を直接いぼに塗布することもありますが、
この方法は数週間から数カ月にわたって何回も塗布する必要があり、
周りの皮膚がやけどしたり、治療に失敗することも少なくありません。
イミキモドのクリームは、やけどを生じることは少ない一方、効果も弱くなります。
外見上は治療に成功したようにみえても、いぼがまた出てくることもあります。
尿道のいぼは内視鏡切除術
（先端に手術用の器具がついた柔軟な観察用チューブを使う処置法）で除去します。
切除後に化学療法薬である5‐フルオロウラシルを注射することもあります。
インターフェロンアルファのいぼへの注射もある程度効果はありますが、
何週間にもわたって週に数回ずつ行う必要があり、非常に高価な治療になります。
割礼を受けていない男性の場合、包皮切除術を行うと再発を防げることがあります。
セックスパートナー全員が、いぼや他の性感染症についての検査を受け、
必要があれば治療することが大切です。
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